当然ながら子嚢菌ないし担子菌であるから、それらのものと同じ生活環を持つものと考えられる。実際にはその多くが有性生殖を持ち、単に培養下ではそれが観察しづらいか、あるいは条件があって、限られた時期や場所でのみ有性生殖が行われるものと思われる。それ以外の時期には無性生殖で繁殖しているので、その部分だけを見るとそれが不完全菌として認識されると言うことである。
しかし、中にはひどく離れた場所で得られたもの同士が有性生殖を行う組み合わせとして発見されるものがあり、それらは自然界で相手を探せているのかどうかが疑わしい。また、どうも有性生殖をしていないのではないかといわれるものもある。
他方、有性生殖の仕組みを発達させずとも、それと同等の遺伝子のやりとりが可能な現象として、疑似有性生殖があり、一部のものはこれによって実質的には有性生殖の効用を得ているものと考えられている。
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完全世代との関連と分類 [編集]
不完全菌は有性生殖が知られていない菌であり、菌の系統分類には有性生殖の構造が重要とされる。したがって、無性生殖器官での分類は系統関係を反映していない可能性が高く、それがform-genusといった用語にも現れている。しかし、そうではあっても、分類する以上はそれが系統関係を反映することは望ましいことである。したがって、不完全菌の完全世代を探すことは不完全菌の分類から見ても重要なことである。
不完全菌の分類は、古くはサッカルドーの体系が用いられた。これはまず菌糸が無色のものと有色のものを分け、次に分生子の形で分け、さらに構成する細胞の数で分け、という風なもので、整理には便利であるが人為分類の臭いが強い。これに対して新たに提案されたのがHughes-Subramanian-Tubakiの分類体系で、これは分生子形成型に重点を置いたものである。完全世代が近縁なものは、分生子の形成型が似ているという判断である。これによってある程度は完全世代の分類体系との対応が取れるようになり、完全世代が近縁のものは不完全世代も近いものになる例が多い。
しかしながら、現実には両者を完全に対応させることは困難なようである。未だに完全世代が発見されないものもあれば、完全世代において一つの種が二通り以上の分生子世代の型を持っている例も知られており、中には複数の属にまたがる例まである。現在では、完全世代が不明のものも、分子遺伝学的データによってその分類学的位置が推定できるようになっているが、これをもっても、ほぼ同じ姿の不完全世代のものが、かけ離れた完全世代を持つ例があるらしいことが知られる。この場合、分生子形成に収斂進化が起きた可能性も指摘されるが、構造が単純なカビの場合、単に区別がつかないくらい単純なだけ、との見方もある。